1.从学校层面来讨论
1）缺钱是真的缺。看经费总额或许已经和日本德国一类的国家同级了，但是中国每年要培养多得多的学生，人均下来能享受到的资源就非常少了。
缺钱带来的问题很多，有些问题是小问题，但有些问题很严重。
实验设备的落后/不足是一个比较严重的问题。仅极少数学校的少数实验室经费还算充足，硬件条件可跟上世界一流水平。大多数学校和研究所的条件都不堪入目..
举个例子。
第一次感受到这种差距是在日本一个学校做科研的时候。隔壁实验室有一台量子光学的仪器，100万美元左右一台，大家随时可以用。一个学长说在国内他们都是人工制备样片的，人工样品效果也不差，但就是失败率高，也特别费事。这位学长在国内的导师还是一位院士，院士的实验室都难以负担这种设备，其他实验室可想而知。（我拿院士为例是因为院士的经费代表了国内最高水平。他手下的一个小boss前两年为一个项目申请到了一亿RMB的经费。不清楚这是一个几年项目。不过他们实验室的经济情况已经是国内顶级了。他们的工作单位也是最高级别的国家实验室（National Lab)，经费数额不是一般的国家重点实验室（State Key Lab)和省级实验室可比的。我知道这件事是因为我在这个隶属于中科大的National Lab待过不短的一段时间。）
例子还有很多，比如：
比如过柱子这种杂活，普通柱子国外直接过柱机，国内还是人来过为主……你做过一次过柱子就知道了，完全就是浪费时间。我在日本就没见过普通柱子用人来过的。
许多重复性的枯燥任务在国内必须由研究生博士生们亲自完成，而在日本可以由机器替代。在国内，还是人力价格低廉，也就没有动力购买这些昂贵设备提高科研效率了。
学化学生物的同学可能对此感悟最深。我又想起一件事：日本有个教授发明了一台给细胞做标记的仪器，就是可以两分钟标一个细胞特别省事儿（印象中是2分钟，不肯定）。这样实验进度就可以加快很多。但是这台机器卖价是100万RMB，而国内一个研究生年薪还不到2万人民币。所以大家还是宁愿多找几个人重复做标记步骤，所以别人一周做完的实验我们可能要用几个月。
还有的实验设备几百万美元一台。全世界就几所大学有。有这个设备的就可能可以做出某些成果，没这个设备的几乎和这个领域前沿成果绝缘了。
最坑的是，有些新型的实验仪器在刚发明出来的那两年是非卖品。给钱都不卖啊。等最重要的实验室结果都被别人做出来之后，我们才有机会收购仪器。这时候买来的仪器就很难做出重要的原创性工作了。
那么我们可不可以像国外某些实验室一样自己设计仪器呢？很难。首先，只有极少数最顶尖的教授拥有设计仪器的能力。大家可以看看设计SEM/AFM的人都什么级别的大牛。其次，很多仪器设计出来了我们都加工不出来。把别人的图纸拿来了也很难山寨。因为精密加工的能力太差了，国内这方面根本没有靠谱的商业公司。所以一般都是进口仪器最可靠。楼下某实验室从德国某公司进口一种玻璃柱，每根2万RMB。就算知道对方赚翻了我们也得批量购买啊。
经费少带来的另一个问题是，不容易招到优秀的博士生，几乎完全招不到优秀的博士后。实验室的科研主力水平有所欠缺。
在发达国家，博士后年薪一般得4万美刀起步。但是在国内学校讲师月薪就几千RMB，哪里请得起优秀的青年才俊来做博士后呢。国内实验室的情况是，要么没有博士后，要么是那种打酱油的博士后..
优秀的博士后在实验室里意义非常重大，既可以带新加入的学生熟悉课题，又能独立开展新课题，极大地丰富实验室的科研内容。
2）产研结合不足。
特别是应用型的理工科，学校的课题离工业界太远。这方面做的最好的应该是德国的学校，据说“产研结合紧密到令人发指的地步”。实验室到工业界的距离决定了研究成果的转化率。
3）管理混乱。
教学管理或许还算严格，但是行政管理非常差劲。我已经听到过各个学校的同窗都在抱怨这个问题。有目共睹
不只是学校管理混乱，国内研究所的管理体制问题可能更严重。在中科院某研究所里待过一段时间。那里的课题水平之低，科研热情之低，科研活动之僵硬，学生生活之无聊都给我留下了深刻的印象。规章制度一大堆，效果是限制了各种自由，包括最重要的学术自由。不但实验室之间的学术交流非常匮乏，实验室内的学术交流都非常不足。整栋楼只有一个小屋的四台电脑可以上网，其中两台旧电脑几乎可以报废了，然后只有一台打印机可以打印论文。去找个论文都得在门口排队，然后打印个论文还得办手续，严重影响了工作节奏和工作心情。虽然是为了敏感课题保密防间谍什么的（这种水平的课题，呵呵，瞎子才会来窃密吧），但是这种环境下很难做到投入啊。而且经常是一旦开始深入思考就会被各种奇怪的人和事打断。这里就不继续吐槽了。。
谢谢知友@洳小苓儿的补充：作为中科院top所某国家实验室快毕业的博士森来和答主谈谈人生～不当之处一起探讨～其实中科院不是没钱，主要还是有一套极其变态的用钱原则，特别是爆出贪污科研经费以后，这个用钱就更加苛刻…我们买个烧杯，转子都要打申请…然后你申请的测试费就是不能买材料之类的…所以我们经常出现等老板批准测试，买药品…很耽误事的。对科研经费的控制，不分专业对影响因子的追求，不鼓励学生的自由发展，一切以paper为追求目标，还很push…
【这部分批评的是管理体系的问题，不是经费问题。因为这个重点实验室会涉及一些敏感课题，仅四台电脑通网和打印机备案是为了反间谍、反窃密。当然其实什么都反不了，而且也没什么好偷的。在结果上看，除了影响工作节奏和学术交流外没有任何用。】
对比一下我本科期间在日本的科研环境，可以说是是学术天堂。学校wifi全覆盖，每层楼四台打印机免费随便用，而且轻松支持无线打印。每层楼八个学术讨论室，会议桌、投影仪和白板都有，不用办任何手续随时可以用。每层楼都有休息室可以供大家喝下午茶。每台电脑都有完整的权限，每个人都分配专用的电脑。遇到任何问题科研随时找工作处服务员，她们会立刻帮你办各种事，包括电脑进水了会有专人来修、大家想找个地方一起潜水学校会派校车接送、找不到银联的ATM她们会立刻查找并在地图上为你标注出来、想借学校的电动车她们会带你去停车地点确保你知道所有安全事项。事无大小，你总可以找到热情的工作人员帮你解决。每天的seminar课程和各种讲座、音乐会等都会有人提前发邮件告知。在那里你只需要专注学术就可以了。不会有其他任何杂事麻烦到你，同时你还可以轻易接触世界各地来的大牛们开的讲座和seminar。
一切都高效舒适且井井有条。这才叫为学生服务的校园管理不是么？
这是学校分给我的两台电脑，而我只是一个普通的本科访问学生。（左边的写代码，右边的跑程序）
日方还负担了我往返日本的机票以及在日本的住宿、生活费。每天2000日元的津贴和免费的单人间足够我在日本生活得很安逸。对于这种选出世界各地优秀本科生，然后提供一流学术环境、学术指导，还倒贴钱给学生的行为，我只能说“丧心病狂”。作为一个本科生，一边接受一流的学生指导，一边拿日方的津贴，我当时真的觉得受宠若惊了。
日本在科教上投入的资金多到可以让我们这种和日本没有任何渊源的外国学生都受益良多。
也不只是日本有这样的机会。我去日本的时候，同届两个高能物理方向的同学也收对方资助去了高能物理圣地CERN（欧洲核子研究中心，拥有最大的对撞机LHC和让任何一所大学都难以企及的科研团队）接受指导。
跨国的学术交流平台都得拿钱砸出来..
2.从教授/实验室的层面来讨论
国内一流完全跟得上国外二线高校了，但和国外一流差距还是挺大的。
1）一流实验室数目少
我在另一个答案里提到的：
海外名校还有不少诺奖教授，各种顶级的group/lab。国内名校一般只有很少的几个组都世界级水平。比如我待的学院里仅有4个院士研究组的科研做到世界领先的水平。本科生要进一般的教授的实验室很容易，但想在这些名教授手下干活实在是太难了。GPA没有3.8+的人都没机会（愿意保研的人倒是去什么组都不难）。再一次，稀缺的资源导致了赤裸裸的GPA竞赛。
2）导师给学生的学术指导普遍不足
我本科生涯前前后后有三位导师，两位国内的，一位国外的。（这里就不算上在中科院期间名义上的导师了，他是某国家重点实验室的大老板，期间一直在出差，我都没有见到他。。）三位导师人都是很好的，这毫无疑问。但还是是那位国外的导师给了我本科期间最多的学术指导，我到现在都非常感激他。他对我的关怀远远超出了我最初的预期。我只是一个外校来的visiting student，他竟然愿意亲自带着我一连好几个小时地讨论一个学术问题。这是我在本校都未曾得到的待遇。
在国内的导师也算是该领域的厉害人物了。但是那一整年给我的面对面指导还没有我在日本一周得到的多。跟着国内导师那段时间我得到的学术锻炼也非常不够，科研进度非常缓慢（也可能与课题难度太大有关，国内boss是专注量子物理理论领域的大牛，我这个小本从来跟不上节奏）。
这是日本的boss和我某天下午在学术讨论室讨论后留下的痕迹。
（一件和学术无关的事：评论里有知友提到这种Aeron Chair每把售价1万RMB。⊙﹏⊙b汗实验室全是这种椅子，我以前都不知道这么贵。）
3）科研氛围千篇一律，大家都好像是在做苦力
boss还经常带着大家一起在休息室喝下午茶闲聊，一起吃某学姐做的巧克力蛋糕（味道真棒！）。还告诉我，有空去京都玩玩吧，那里挺不错的。他是那种一直在鼓励从来不push的人。
这种无微不至的关怀和轻松惬意的气氛带给我久违的宁静。那段时间可以说是我有生以来最高效的科研经历，而且还非常的轻松快乐。
而我们组每年产出的高水平科研成果恐怕是一般985学校实验室的10倍。单看某博士后的学术产出都超过国内985高校一般实验室的成果。（看到优秀博士后的意义了么，经费不足的影响很广泛）
同时我们朝九晚五从不加班，周末双休从无例外。
在国内，这种环境是绝然没有的。这样的导师我也从未在国内看到过。这大概也说明了很多问题吧。
当然也有其他氛围的实验室。楼上学姐的boss一年只休息一天（或许不到一天），连新年那天都在实验室做实验。
我boss是把学术当生活，她boss则是把学术视为一切。优秀的实验室一般是处于这两种极端之间的某一个点。需要哪种生活就去哪种实验室。一流的理工学校应该为学生提供足够多的选择。
国内的实验室水平倒是有高有低，实验室气氛却有点千篇一律。也看到过很多刻苦认真的实验室，从来没有哪个实验室的生活让我觉得在那里有着精彩的生活。
3.从学生的层面来讨论
1）讨论课和学术讨论氛围
在另一个答案里提到过的：
不得不说，国内很多名校的研究生质量实在是太差了（也没办法，太多优秀的本科生去国外读研，研究生只能由普通高校的学生来补充）。很多担任助教的研究生水平极低，本科班上随便找几个学习优秀的同学都比助教强的多。助教除了收作业批阅作业以外几乎没有能力和学生讨论什么学术问题。相比起世界名校可以得到全球最优秀的PhD，国内高校真的是望尘莫及。这一点导致了数理课程质量很进一步提高。学术讨论、习题课在基础课的学习里太重要了。
至于学术讨论的氛围可能差别更大。
在日本那个学校，我的课题里面出现了一个我搞不定的数学问题，然后我可以立刻请教对面实验室的一位学长。他也是USTC毕业的，在西北拿到物理master，在剑桥拿到数学master，正在那边读PhD。他会非常耐心地为我解答那种对他来说很简单的数学问题。（这里也可以看出优秀的PhD可以教会本科生很多东西。）然后隔壁实验室是做神经生物学的，教授是该领域大牛，手下一堆优质码农，为人非常push，但是也非常愿意参与学术交流、给予指导。当你需要遇到任何问题时你都可以随时向精通那个领域的专家请教。这种跨领域的学术交流氛围在国内很少见。
这是我们实验室的两个小伙伴，来自Oxford的S君和来自Cork的A君。
我们本科生三人组也经常一起讨论问题。有关于物理的学术问题，也有各种闲聊，比如为什么工业革命开始于英国，欧洲的多元化语言和文化是不是有助于科学和艺术的发展等等。这种跨文化的讨论非常有趣。
突然想到，为什么来国内做的科研的外国学生那么少呢？所以还是科研水平太低了吧。我在本校只看到过院士的实验室会有国外的本科生慕名而至。
2）价值观单元化
国内名校面对的最主要的问题根本不是什么考前突击的问题。而是价值观多样化的不足。唯GPA论，唯金钱论，唯社会地位论等价值观让很多学生处于十分功利化的环境。
学生们很难静下心来完成一些不一定有直接回报的project。就算在名校金字塔的塔尖，也很难见到愿意跳出固有轨迹的人。敢于冒险、敢于探索、敢于创造前所未有的新世界的人还是太少了。
这也是我提到过的。我觉得这是最严重的问题。
感觉大多数都在沿着相同的轨迹往前走。
从清北到211，几乎所有人的注意力都在do things better上。大家崇拜的是GPA更高，哇，TA专业排名前三呢；申请的学校更好，哇，他去H大了，哇，她去S大了；找的工作薪水更高，哇，他刚毕业年薪XX万了。本来这算是一种三观比较正的氛围，但当它统治几乎所有学校时，它会导致非常多的恶果。
工：“工”的原词engineering和天才genius是同源词，有表示工匠用各种天才的创造思维解决实际问题的能力。
引自@曹梦迪的答案。
我们的技术狂热者在哪里？我们的genius在哪里？精英们都逐大流了，谁还能成长为genius呢？
只知道去do things better不知道去do something different。
一拨一拨的人冲上去，为更好而竞争，却不为不同而喝彩。
为更高的分数，更好的学校，更高的薪水，好像所有人都迷恋着这样诡异的气氛。
而游离在这种氛围之外的人则会受到莫名的鄙视，遭遇额外的困境。
反映在学术上，问题就是：
我大学的第一位导师曾问我这个问题，为什么新中国以来这么多年中国出去了这么多学生，没见过哪个人做出诺奖级的成果？特别是理论物理领域，差距一点都没缩小。
大家都在努力变better，没有人去变得different了啊。理论物理需要更好的基本功，但更需要的是与众不同的idea。
实验领域的差距的确在靠人力和金钱慢慢缩小差距，最近国内出的重大学术成果也都几乎是实验方面的。因为实验可以follow，然后我们就可以把别人做出来的东西做得更好，但所有不能follow的领域我们都进步甚微。许多小领域上都做到一流或者准一流了，但是还是没有国人能在学术界拓展出一块新领域。
我导师也曾经是有志青年，想在理论物理领域开拓出一片天地。但是在这种环境下，直到他当上正教授前他都没办法集中精力做自己最想做的课题。因为那些课题太基础、游离在热点研究之外，希望做“非主流研究”的青年学者会生活得非常艰难。所以导师也只能在成为USTC正教授后才开始研究measurement theory这类直观重要却基础性的课题。do something different的成本太高，要在他40余岁才能开始。
在在东京大学就读是怎样一番体验？这个问题里，大家都很容易察觉到日本本科生的专业课学习动机不足，基本功很差。但在我看来，东京大学为学生提供一种我很珍惜的环境——大家不用努力变得同样的优秀，大家可以选择变得各种各样的优秀。而且请骄傲地成长下去，因为这里是东大。
那些无心学术的人可以去培养各种爱好，那些一心学术的人则可以得到一流的资源。
这里有个一心学术的例子：
田中耕一(Koichi Tanaka 日本1959-)，日本科学家。1959年出生于日本富山县首府富山市，1983年获日本东北大学学士学位，现任职于京都市岛津制作所，为该公司研发工程师，分析测量事业部生命科学商务中心、生命科学研究所主任。与美国科学家约翰·芬恩一同发明了“对生物大分子的质谱分析法”，因此获得了2002年的诺贝尔化学奖。田中耕一的得奖是一个传奇。因为从不和学术界沾边的他，手头上即没有博士学位，也没有硕士学位。
21世纪了，还是可以出现只读过本科的诺贝尔奖得主。
（这件事也可以反映出日本产研结合做的很好。学术界可以出工业成果，工业界可以出学术成果。）
be different VS be better？
每一种选择都应该得到尊重。
孙志岗答：
从96年本科入学到现在任教十年，始终在一所985理工类高校中。我想我还是有资格回答这个问题的。
中国大学不缺钱。虽然国家总体教育经费投入有限，绝对数字与发达国家相比差很多，但我们成本也低很多啊。在大学里，更普遍的现象是大笔的经费不知道该怎么花出去，导致年底突击；同时很多有实效却无显示度的事情却无钱可用。而花出去的钱有多大比例是真正用来做事的，你懂的。
中国大学不缺人才。近几年高校待遇提升明显，同时企业竞争加剧，更是造成了“人才挤挤”。十年前本科毕业就能留校，现在海龟还得排排座次。在教师圈中，有能力、有理想、有品德的老中青比例很大。但很少有人能坚持理想和品德，把能力用在内心完全认同的事情上。很多人定的目标是先委曲求全，站稳脚跟再追求理想，但岁月是把杀猪刀，它只会让理想渐行渐远。
中国大学不缺好学生。教师们聊起学生，都是不满意，什么没个人想法、不努力、投机取巧，常挂嘴边的是“一届不如一届”。但事实上，学生中大多数的基本价值观是没问题的，都认同“学习”这件事，认同要有真本事。是大学的学习环境使他们与价值观背道而驰。
不缺钱，不缺高素质的人，但为什么却没有像样的大学？因为缺少健康的机制。从上而来的利益导向就有问题，管理手段也有问题，其结果就是这样了，钱和人全浪费了。至于具体问题是什么，中国人都懂的。
写完发现其实跑题了，谈的不是“理工”大学，而是所有大学了。
如果读者是学生，那么我建议你别管大学缺什么，看自己缺什么，自己来补。利用好学校的资源，但别指望能被学校拯救。
如果读者是教师，那么我建议坚持做内心认为正确的事情，并放低对名利的需求，这样才能做出实效且内心平静。
